胚胎移植失敗，一般在停止使用黃體酮等激素藥物後就會來第一次月經，而第二次來月經的時間和促排卵方案有關。如果使用的是超長方案或者長方案，因為應用GnRH-a垂體降調節藥物，第二次月經距離第一次月經時間會超過正常的月經週期，甚至要間隔兩個月才會來第二次月經。如果使用的是拮抗劑或者微刺激方案，一般會按照平常的月經週期按時來第二次月經。

月經的恢復和患者本身卵巢功能有關，卵巢功能良好的患者下丘腦-垂體-卵巢軸功能恢復快，月經週期和既往的週期相比變化不大。而卵巢功能越差的患者月經週期恢復起來也越慢。所以月經的恢復因人而異，大概在1-2個月之間。