小孩吞口水有咕咚聲可能是機體發育不完善、吞嚥大量空氣引起的，也可能是食道發育異常、咽喉炎、支氣管炎等原因導致，可能會影響正常的吞嚥功能，還需要及時進行檢查，在專業醫生的指導下進行針對性治療。

1、機體發育不完善：小孩在出生之後，神經系統和吞嚥功能發育不是特別完善，在吞口水的過程中可能會出現有咕咚的聲音。通常屬於正常現象，不需要進行特殊治療，還需要多喝水。

2、吞嚥大量空氣：如果小孩在吞口水的時候吞入大量空氣，也會伴有咕咚的聲音，屬於正常情況，無需治療。

3、食道發育異常：先天性食道發育不良可能導致食道彎曲度比較高，影響正常的吞嚥功能，還會在吞口水或者是吞嚥食物的時候發出咕咚聲。需要及時進行食道鏡檢查、X線片檢查來判斷病情，在醫生指導下通過咽喉手術修復的方法治療，有利於恢復正常。

4、咽喉炎：咽喉部位出現慢性炎症感染或者進食辛辣食物之後，可能會出現咽喉黏膜水腫或者是狹窄，小孩吞口水時就可能出現咕咚聲。此時需要遵醫囑口服阿莫西林顆粒、藍芩口服液治療，用藥期間還需要適當吃流質的食物。

5、支氣管炎：支氣管出現炎症後會出現支氣管狹窄，還會引起呼吸異常，刺激咽喉部位，也可導致小孩吞口水有咕咚聲。此時需要在醫生指導下服用利巴韋林顆粒治療，用藥期間還要定時複查。

除以上原因外，如果小孩存在胃食管反流病、結核病等，也可能會誘發此種情況，建議積極前往小兒耳鼻喉科就診治療。