淋菌性咽炎為革蘭陰性的淋病雙球菌感染引起的急性或慢性接觸性傳染病，並可經血行播散發生一些器官的併發症及菌血症。此病多因不潔性接觸或其配偶性病史引起，其中口腔性交是導致咽喉淋球菌感染的重要途徑。

1、淋球菌感染：淋球菌是淋病奈瑟菌的簡稱，是引起淋病的病原體，淋球菌的形態與腦膜炎奈瑟菌相似，它常常寄生在人體尿道黏膜，主要通過性接觸傳播，少數經過接觸病菌攜帶者的私人用物等傳播。人體黏膜感染淋球菌後，它可以在上皮細胞內繁殖，使細胞溶解破裂、壞死，同時釋放毒素引起局部急性炎症，引起充血、水腫、化膿和疼痛等，發生在生殖道一般叫淋病，發生在咽部就叫淋菌性咽炎。

2、口腔性交：口腔性交時陰莖頭及尿道口直接接觸咽部,導致致病菌的侵入，產生局部炎症，形成淋菌性咽炎。