習慣性流產的發生原因很多，臨床中習慣性流產大部分是由於宮頸異常所導致，但是對於12周之前的流產屬於早期流產，12-28周是晚期流產。對於早期流產的患者經過臨床分析和總結，病因首先考慮可能與父母雙方的染色體異常具有關係。如果出現2次甚至2次以上的習慣性流產，建議父母雙方檢驗染色體，如果排除染色體的異常，要考慮備孕的媽媽本身是否存在一系列的疾病，如自身免疫系統疾病以及易栓症、血栓性疾病等，都會導致妊娠的孕囊、孕胚出現問題，導致在懷孕早期出現流產。

另外，內分泌系統疾病比如甲狀腺功能異常、血糖異常，以及母親本身生殖臟器的問題，比如宮頸機能不全，也會導致患者在懷孕期間出現習慣性流產。同時還要檢查父親有沒有合併部分疾病，或者有沒有服用藥物，如是否存在高血壓疾病，精神類的藥物都有可會導致精子質量的異常，精子異常也會導致受精卵異常，機體進行自然識別後，就會出現反覆的習慣性流產。