習慣性流產的治療針對不同的病因，有不同的治療方案。若夫妻雙方有染色體異常，則孕前應到產前診斷中心進行諮詢較好。若孕婦有糖尿病或甲狀腺異常等內分泌疾病，則孕前應該做篩查，如有糖尿病可進行血糖的調整及控制，如有甲狀腺的異常，甲亢患者可採用降低甲狀腺的激素的藥物治療。血栓前狀態的孕婦，在孕前或孕中，均可加用阿司匹林及低分子肝素進行抗凝治療。