查不孕不育的最佳時間要分男性和女性，具體如下：

1、女性：應查輸卵管，要在月經乾淨後2-5天或來月經的第12天前查輸卵管，即如果1號來月經，要在12號前查輸卵管。且月經乾淨後2-5天和月經的第12天前不同房，沒有性生活較重要，可做輸卵管檢查、白帶檢查，當天要查卵泡是不是正常排卵。在月經中期，如果是28天週期，即第14天排卵，應在第12天查排卵，12天左右就可以開始檢查，不能等排卵後再檢查，要在卵泡長得較大時檢查；

2、男方：應查精液，先不同房3-7天，也就是大於7天排一次精，小於3天時要等待，在3-7天內精液質量最好的時候檢查懷孕能力。