目前做的取卵手術絕大部分是採用陰道超聲顯像檢測下的取卵手術，是一種安全、有效、相對簡單的取卵手術。手術一般較安全，但也可能會存在手術風險，如可能會損傷鄰近器官如腸管、輸尿管、膀胱，甚至是血管而引起繼發問題，如盆腔內出血。對於陰道壁或宮頸穿刺點少量出血，可以通過用紗布壓迫止血或鉗夾止血，必要時必須給予止血藥來止血，同時進行嚴密觀察，一般出血可以自行停止。如果發生大量不可控的內出血，需要急診住院手術治療。另外因為取卵手術是經過陰道操作，如果生殖器或者是盆腔存在炎症，取卵手術後就存在感染的風險，因此取卵手術後必要時要應用抗生素預防感染。