牙齒疼痛可以應用漱口水，但是應用漱口水的效果很有限，除了智齒冠周炎應用漱口水可能有效果外，其餘絕大多數的牙齒疼痛應用漱口水都沒有直接的止痛效果，因為本身漱口水即使是含有抗生素的漱口水，主要也是使口腔內表面上的黏膜和牙面得到清洗和清潔，而針對於牙痛，絕大多數都是由於牙體內部或者牙周組織已經確定出現細菌的感染，感染已經進入組織內，而這時通過外部應用漱口水，不可能達到較好的效果。

想要治療這些疾病，例如根尖炎、牙髓炎，最好的辦法就是到專業的口腔科進行開髓引流與根管治療，而針對於智齒冠周炎，最好的是針對於智齒盲袋周圍應用注射器的加壓沖洗，而漱口水的方式不太容易將所有盲袋裡的東西全都漱出，所以牙痛應用漱口水不對症。