試管嬰兒胚胎移植的過程中，通常沒有疼痛感覺。胚胎移植時是採用生物安全性材料製備的軟管，管徑外徑大約是5mm，其經過陰道、宮頸深入到子宮內。軟管在不擴張宮頸的情況下，能順暢放到子宮內，不會引起疼痛，大部分女性能輕鬆度過胚胎移植的過程。

但是也有少數情況，如個別女性宮頸發育較彎曲、宮頸內腔較細窄，即使是軟的胚胎移植導管，在插入過程中也會受到一定阻礙。此時醫生會調整導管的角度和彎曲程度，來適應性進入宮腔。在此過程中可能會有輕微疼痛，一般整個過程為十幾秒，或1-2分鐘內完成，大部分女性能夠耐受。