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手足口病的主要傳染源是手足口病的患兒和隱性感染者，密切接觸是手足口病重要的傳播方式。可以通過接觸被病毒汙染的手、毛巾、手絹、牙杯、玩具、食具以及床上用品、內衣等都可以引起感染。還可以通過呼吸道飛沫傳播，飲用或者攝 入被病毒汙染的水和食物等，導致感染。嬰幼兒和兒童對手足口病毒普遍易感，以5歲以下的兒童為主。
手足口病疫苗是我國獨立研發生產的疫苗，主要針對腸道病毒EV71型而設計，在2016年開始廣泛應用於臨床。目前臨床資料顯示至少在接種以後2年，抗體滴度還比較高，仍舊能夠起到預防作用，所以家長其實不用過於擔心疫苗的有 效期。
小孩手足口病初期的症狀不具有特異性，可以出現精神倦怠、乏力、食慾下降或者腹痛等，部分孩子還會出現呼吸道感染或者消化道感染的症狀。隨著病情發展，還會出現不同程度的發熱，可以是低中度熱或者高熱，一般發熱1-2天左右，便開始出現皮疹。皮疹主要發生在手掌 、足底，甚至可以在臀部、口腔，通常不伴有明顯瘙癢。
手足口病疫苗主要針對腸道病毒EV71型感染引起的手足口病，所以只能預防腸道病毒EV71型引起的手足口病，而引起手足口病的病毒有20多種，不可能每一種病毒均能預防。若寶寶這次感染的不是腸道病毒EV71型，而是其它的腸道病毒，則有可能會出現手足口病。手足口病多數為輕症，僅有輕微低燒，可能出現口腔的皰疹以及手、腳、臀部等皮疹。
手足口病隔離期一般是1周左右，具體情況要根據手、腳、嘴中的皰疹消退和消失情況而定。一般需要帶孩子到醫院，經過醫生檢查開具需要解除隔離的證明，然後才可以上學。一般醫生檢查除要根據發病時間判斷以外，還要觀察嘴、手的皰是否消退，如果基本上消退，而且周圍沒有紅腫，說明不是急性期，這時才可以解除隔離。
接觸了手足口病患者，無論用手或者用自己身上的衣物直接碰觸到手足口病患者，都存在感染風險。因為手足口病患者的皰疹液中有大量的病毒，這些病毒可以汙染患者的任何部位，包括衣物、被褥以及玩具等，直接用手接觸到手足口病患者，手上可能有感染手 足口病的病毒。再直接抓取食物，則通過消化道傳播，如果用手直接接觸鼻黏膜，可以通過呼吸道吸入病毒感染。個人穿戴的衣物碰觸到手足口病患者，衣物也可能有感染的病毒，用手再觸摸衣物，手可以感染手足口的病毒，主要通過直接抓取食物或者呼吸道來進行傳播。
手足口病的傳染源包括患者和隱性感染者，流行期間患者是主要的傳染源，而散發期間隱性感染者是主要的傳染源。該病沒有明顯的前驅期，病毒主要存在於血液、鼻咽分泌物及糞便中，其中糞便中病毒的排毒時間為4-8周，一般發病後1周內的傳染性最強。
手足口病通常1周左右可以上幼兒園，待到皰消失，恢復、自愈後可以上幼兒園。因為手足口病需要隔離，防止傳染給其他小孩。手足口病的傳播途徑主要是密切接觸以及飛沫傳播，飛沫傳播主要是在疾病早期，出現呼吸道症狀的時候傳播。
手足口病患兒自然病程是1-2周，即多數患兒在1-2周內疾病可恢復。小兒手足口病是病毒感染導致的疾病，針對病毒無需使用抗病毒藥和抗生素，只需等待自然病程即可。輕症患兒除發熱和皮疹之外，通常無特別嚴重的表現，無需特別用藥，自然病程多數在1周，皮疹消退時間不超過2周。