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慢性心房顫動最常見的併發症是腦卒中，引起腦卒中的原因主要是心房顫動的患者心臟不是規律收縮，血流處於瘀滯狀態時更容易引起血栓形成。血栓形成後通過左心室出去，可能進入大腦，引起患者出現腦栓塞等相關問 題。
慢性心房顫動的治療原則具體如下：1、儘量想辦法去恢復患者的竇性節律。可以使用的方法包括用藥物來轉復竇性心律，也可以考慮通過經導管行射頻消融或通過外科開刀的方法做射頻消融。射頻消融的成功率不是太高，目前結合內外科共同的方法來治療房顫成功率更高；2、因為房顫的患者，對於快心室率的房顫，患者主觀感覺非常難受，甚至過快的心跳會影響到人體血壓，所以若不能夠轉復竇性心律，改善患者的症狀，可以通過用藥物來控制快速的心室率，用β受體阻滯劑、洋地黃這類藥物達到目的；3、需要防止血栓形成和腦卒中的問題，房顫患者目前需要進行抗凝治療，在房顫狀態下一直需要進行抗凝治療。