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部分咖啡斑胎記可以通過激光治療完全去除，是否能夠完全去除，需要經過醫生臨床評判或皮膚鏡相關檢查明確。多數患者經過多次激光治療可以取得較滿意的效果，大約有30%兒童經過激光治療，可以達到完全消除的目的。但大部分兒童經過多次激光治療不能完全消退，但可以使咖啡斑淡化。
顏色較淺的咖啡斑，尤其是生理性淺色咖啡斑，隨兒童年齡的增長，部分可能逐漸減淡甚至消失。病理性咖啡斑無法自行消退，但無法消退不一定代表屬於病理性。部分兒童因為皮膚乾燥可能會褪掉一層皮，導致原來咖啡斑顏色變淺，但隨年齡增長或日曬增加，咖啡斑顏色可能還會緩慢加深，建議此類兒童進行激光治療。
咖啡斑可以做到徹底治好。咖啡斑是一種先天性的色素增加性皮膚病，通常是在出生時或者出生後不久出現，兒童期可能還會有所增加。主要的臨床表現是局部有淺褐色、棕褐色或咖啡色的色素增加的斑片，邊界比較清晰，主要的病變是局部黑色素細胞數量增多，而且合成的黑色素也增加。以前沒有太好的治療方法，但自從出現選擇性色素美容激光後，治療咖啡斑的效果便明顯提高。
寶寶額頭部出現咖啡斑，自行消失的可能性較小。咖啡斑是胎記，可能與寶寶黑色素的分泌出現異常有關。隨著年齡增大，有些顏色會變淺，即逐漸不明顯，也有些可能會變大、顏色變深。因此咖啡斑是否可以消失，每個寶寶會有所不同。
咖啡斑自己不能消退，需要採用醫學方法讓咖啡斑消退。咖啡斑有一些出生即存在，屬於先天性咖啡斑，也有一些出生後出現。針對咖啡斑，可以激光去除，大部分需要多次治療，也就是多次激光，激光去除之後有一些完全消失，也有一些激光去除後再復發，大部分咖啡斑為單發，還有一些多發咖啡斑，要高度懷疑為神經纖維瘤。
如果咖啡斑在生長，建議儘早治療，一般採取激光治療，需要多次治療才能把咖啡斑去除。咖啡斑是出生後隨著年齡的增大而增大，所以建議早治療，早治療後可減少痛苦，面積越小，激光治療時間會越短，面積越大，激光時間會越長，疼痛度也會增大。部分咖啡斑在生長過程中會顏色會越來越深，顏色越深，治療難度越大，治療次數會增加，明顯增加孩子疼痛。
咖啡斑也是在臨床中很常見的類型胎記，表現為棕色的斑，而且邊界很清楚。這個斑因為顏色不是特別深，藥物治療肯定沒有效果，通常都採用激光治療。激光治療患者咖啡斑比較容易去除，比如用調Q激光，形成結痂，結痂脫落後，斑的色素基本上消退，但 是因為是遺傳疾病，受紫外線影響也很大，有很大一部分人治療後，可能還會再重新出現。
咖啡色胎記一種情況就是單純的咖啡斑，這種往往數量很少，可能就一塊，境界非常清楚。目前對這種咖啡斑的治療就是打激光，現在這種脈衝激光比如針對黑褐色色素的脈衝激光，比如532nm、755nm或者694nm的激光都是可以來治療咖啡斑的。但是它的療效因人而異，有些效果非常好，甚至一次就可以達到很好的臨床療效，有些 人可能需要幾次來達到一個效果。但是有些人效果就不好，所以如果面積小就可以試一下，如果面積大一般都建議先試一小塊看看效果好不好，如果效果好再全部治療。還有一種情況，所謂咖啡色的胎記是神經纖維瘤病的一種表現，所以一定要到醫院讓醫生去看一眼，尤其是咖啡色的斑數量比較多的時候，要小心不是一個單純的咖啡斑，而是所謂的牛奶咖啡斑，神經纖維瘤病的一種表現，這個往往有遺傳的基因背景所在。
咖啡斑很多病人身上都有，每個病人都不一樣。有些小孩子出生不久就可以出現咖啡斑。有些咖啡斑顏色很深，邊界很清楚也很規則，用激光治療效果比較好。經過幾次激光治療，有的病人可以達到治癒目的。有些咖啡斑顏色比較淡，邊界又不清楚，即使用很多激光來治療都達不到理想的效果。還有一種情況 ，比如神經纖維瘤病人也可以出現咖啡斑，這個時候需要跟病人溝通好，可以不管。因為神經纖維瘤的診斷標準是當咖啡斑（直徑）大於1.5釐米大小，大於6個的情況下，可以診斷神經纖維瘤。這種病人到青春期，咖啡斑以及神經纖維瘤會越長越多，往往會建議病人觀察，只要頭部不出現腫瘤，暫時不做處理。因為神經纖維瘤是一個遺傳性的疾病，如果神經纖維瘤病人去處理，費用會很高，而且得不償失。
如果患者僅僅是咖啡斑，而且邊界比較清楚、顏色比較深，建議選擇激光治療。但是激光治療不止一次，需要多次治療，同時需要防曬。如果咖啡斑長在軀幹，邊界也不清楚、顏色又比較淡，建議暫時可以不管它，因為這個並不影響生命，只是影響美觀。當然如果咖啡斑顏色比較淡、不清楚 、長在面部、病人要求比較高，需要告訴病人可以激光治療，但是不能保證一定能夠治癒。有的人可能治療多次，並不能達到理想的效果，需要醫生跟患者溝通好。如果病人全身都長滿了咖啡斑，建議只祛除它最影響美觀的地方，身上可以暫時性不治。也有些患者家屬要求一次解決，如果是單個咖啡斑長在面部，想一次解決，也可以選擇手術治療。但是手術必要告知患者，這種手術肯定會留下疤痕，任何一種不管是美容手術還是其他手術都會有疤，讓患者選擇利與弊。
咖啡斑實質是色素增加性胎記，色素增加的位置一般在表皮基底層，非真皮層。咖啡斑一般在兒童出生後幾個月、幾歲均可出現，其特點是隨著年齡的增加而面積擴大，部分顏色可加深，患者無疼痛、瘙癢、不適感。咖啡斑一般在兒童期、青春期生長較快，青春期後或成年後一般面積不再擴大，但顏色可能會加深。單純咖啡斑會對美觀產生影響。