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如果患者出現急性腦血栓、急性腦梗塞、急性腦出血、頭部外傷造成頭腦神經損害，急性期後進入恢復期，恢復期的最佳時間是急性創傷以後3-6個月，一定要抓緊這段時間進行康復。用藥是很重要的方面，可以選用有利於腦部神經改善的中成藥，比如培元通腦膠囊、華佗再造丸等。還有最重要 的恢復方法一定不要忘記康復，是非藥物療法，但在恢復腦神經的過程中發揮著比藥物還要重要的作用，通過自身或者他人的協助進行肢體功能、吞嚥功能、語言功能的訓練。腦神經損傷以後恢復的方法，主要有服藥與康復治療兩種方法。
阿替普酶特異性溶解血栓的藥物，英文縮寫是rt-PA，商品名是愛通立，也就是阿替普酶。靜脈溶栓通過靜脈輸液的辦法把溶栓藥物輸注到血液循環中，通過循環到達閉塞和阻塞血管的部位，溶解血栓、使血流再通。常選用的藥物是阿替普酶。阿替普酶從1995年美國NINDS研究證實急性缺血性卒中，靜脈溶栓是最有效的治療開始。目前接近20多年的發展，已是多國的腦卒中急性期救治指南里一級推薦的、最有效的溶栓藥物。
心源性腦栓塞在磁共振MRI檢查方面和其它類型的腦梗塞一樣，急性期表現為磁共振DWI序列的高信號缺血病灶，也有不同於其它類型腦梗塞的特點，常常會看到不同動脈供血區不同的腦梗死病灶，如前後循環同時梗死、雙側同時梗死，另外，還有新鮮的梗死灶與陳舊的並存，叫做空間多發、時間多發，這是心源 性腦栓塞磁共振表現最經典的特點。梗死常常累及皮層，也可以在皮層下、丘腦或者腦幹，在磁共振腦血管成像，可以表現為大腦中動脈閉塞，這種腦栓塞堵塞大血管，往往病情重、症狀重，在MRI上面都可以表現出來。醫師根據特殊的磁共振腦血管表現，往往會在發病的急性期就考慮使用神經介入手術，把大的栓子從大腦中動脈中機械取栓取出來，血管就能夠再通，明顯的改善腦栓塞的病情和預後。
心源性腦栓塞，因為每個病人梗塞的面積不一樣，栓子來源、大小不同，所以病情的輕重差別非常大，需要神經科的醫生根據病情情況採取綜合治療，不存在單一的效果最佳的首選藥物。在心源性腦栓塞的超急性期，即發病後六小時，應該儘快使用溶栓藥物，如臨床上目前常用的阿替普酶、 尿激酶，神經科醫生會根據病情選擇合適的溶栓治療，爭取儘快溶解血栓。對於比較大的血栓，藥物難以溶開時，儘快進行神經介入手術機械取栓，把栓子取出來，血管就通了。溶栓或取栓後，在急性期根據情況給予抗血小板聚集藥，如阿司匹林、氯吡格雷，抗凝藥如華法林、利伐沙班，還有神經保護劑，改善循環的中成藥也有一部分作用。
心源性腦栓塞能否痊癒與栓子大小、堵塞的血管、梗塞部位、血管基礎、就醫早晚和治療措施都有緊密的關係。如果栓子小，栓塞沒有在關鍵的腦功能部位，或病人的血管基礎好，栓塞以後，側支循環很快建立，治療及時、積極配合，有很大的痊癒幾率；心源性腦栓塞尤其是較大的血栓，如 果不及時治療，後遺症重，甚至危及生命。所以時間就是大腦，發病後第一時間撥打120急診送醫院非常重要，這一決策能夠明顯影響心源性腦栓塞預後，決定今後恢復較好，還是出現較重的致殘。在心源性腦栓塞的恢復期，要特別重視康復訓練，在正規醫院的康復科，根據康復醫師的指導，堅持進行肢體的功能訓練，對改善心源性腦栓塞的預後非常有益。
心源性腦栓塞急性期應該儘早進行抗凝治療，何時啟動抗凝藥取決於出血傾向和梗塞面積，面積大、容易出血，抗凝尤其需要謹慎。一般在臨床上遵循1-3-6-12的抗凝原則，如果腦栓塞發生後，症狀很快就完全恢復，發病1天就可以抗凝；對於沒有引起殘疾的小面積梗塞，一般在3天后開始抗 凝；中等面積的梗塞，發生了一定程度的功能障礙，應該在6天后使用；大面積的梗塞至少要等待12天；如果梗塞面積大，伴有出血轉化，或者病人有出血傾向，應該在發病2-3周以後，經過神經科醫師的專科評估，再啟動抗凝。以前得過心源性腦栓塞的病人，要定期監測血常規、血凝，長期使用抗凝藥。
心源性腦栓塞的病人要定期監測血常規、血凝，長期使用抗凝藥，只要病情穩定，形成血栓的病因沒有去除，抗凝藥就不能停。如果在用藥期間發現血小板減少，血凝明顯延長，即有出血傾向，抗凝藥只能停用，但是停藥也就難以達到預防腦栓塞的效果。現在有新型的心臟介入手術、左心耳 封堵術，左心耳是心臟結構中附壁血栓的集中地，把左心耳用介入材料封堵後，左心耳附壁的血栓就不能進入血液循環，從而防止腦栓塞再發生，手術後，這類病人就不需要服用抗凝藥物了，也就降低了抗凝的出血風險。目前臨床上使用的有新型口服抗凝藥物，如達比加群酯、利伐沙班等，這一類新型抗凝藥不需要監測血常規和血凝，病人使用更加方便，但是無論哪一種抗凝藥物，都是長期口服。
心源性腦栓塞是心臟疾病的嚴重併發症之一，心臟疾病的患者在平時病情穩定的時候要注意心功能，在腦栓塞發病急性期，機體處於應激狀態，心功能容易惡化，一部分心源性腦栓塞的病人臥床以後合併肺炎，有的患者不能進食易導致營養不良， 患者可出現高燒、痰多、呼吸困難，心臟負擔急劇增加，很容易合併急性心力衰竭，從而危及生命。所以心源性腦栓塞的病人需要特別注意心功能，醫師在治療期間會嚴密的監測心臟，維護心臟功能穩定，醫師會給病人吸氧、改善心肌缺氧，也會使用抗生素來控制病人的體溫，使病人不處於高熱分解狀態，使心臟負荷進一步加重；還要保障病人的胃腸道通暢，解決便秘問題，因為這些問題都會增加心臟負荷，也會使用改善心功能的藥物。在治療期間，所有的液體都經過靜脈輸入，心臟情況不穩定的病人要使用輸液泵，使液體能夠勻速輸入，有助於心功能穩定。