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注射乙腦疫苗後，大部分患者不會出現嚴重的不良反應，個別患者可出現低熱乏力、食慾不振等。出現發熱情況，通過觀察以後應注意休息，避免食用刺激性食物或者受到外界環境刺激。若患者體溫較低，一般無需特殊處理；若體溫升高或反覆升高超過38℃，應到正規醫院就診，查看是否 與疫苗有關，排除感冒或其它炎症。遵醫囑服用退熱藥物或物理降溫。
乙腦後遺症與病情輕重程度有關，大部分輕度乙腦患者預後較好，腦損傷較嚴重的患者治癒後，會出現嚴重併發症，最常見為偏癱，即失語；嚴重患者出現神經系統功能障礙，如尿瀦留或其他併發症。部分輕度後遺症患者，3個月內可逐漸恢復，但10%患者後遺症將形成永久性併發症，出現終生殘疾。乙腦又稱為大腦炎，大腦炎後遺症會出現嚴重的痴呆、終身癱瘓等。