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尿道炎可由淋球菌感染或非淋球菌感染引起。其中非淋球菌引起的尿道炎是指衣原體感染，臨床表現為尿道口發紅、少量膿性分泌物，排尿異常，如尿頻、尿急、尿痛等症狀。如果臨床症狀較輕，有高危性行為史，可考慮非淋菌性尿道炎。此時需行病原學診斷，取分泌物，做衣原體培養或者 衣原體DNA檢測，如果檢測出衣原體，可明確診斷。
非淋是指衣原體和支原體的感染。化驗檢查證明患者有支原體和衣原體的感染，根據藥敏結果，可選擇敏感性較強的抗生素治療，如常用的多西環素、美滿黴素、阿奇黴素、交沙黴素及紅黴素等藥物進行足療程的治療，衣原體的治療週期是7-10天，支原體是10-14天左右，大部分患者可獲得較滿 意的療效，可以轉陰。藥物治療後症狀沒有明顯緩解，經過一個療程後仍有臨床症狀，結果檢查仍未轉陰等療效不好的患者，應重新尋找病因，如是否合併其它泌尿生殖道的感染，是否有細菌感染、滴蟲感染或真菌的感染，再針對病因進一步治療。
支原體、衣原體感染可以通過性接觸傳播，可存在交叉感染。夫妻雙方或性伴需要同時治療，治療期間建議禁止房事，且因為支原體和衣原體的體積非常小，可以穿透避孕套，所以性生活時使用安全套對預防非淋不是絕對安全的方式，還應禁止性生活。支原體的治療時間 相對較短，一般需要7-10天左右，衣原體的治療時間較長，大概在10-14天左右，治療之後還要進行復查，結果轉陰之後再有性生活相對較安全。
部分患者感染非淋後，隨著時間的推移，症狀較發病時有明顯的減輕，出現分泌物減少甚至消失，還有部分患者使用抗生素治療後症狀緩解，但並不是非淋已經自愈或治癒。一方面非淋感染後隨時間的延長或不規範的治療，臨床症狀可以緩解或消失，另一方面，非淋患者可以沒 有明顯或有較輕微的臨床症狀。一旦感染非淋或是有過危險的性生活接觸，建議到醫院進行規範治療，不要認為沒有症狀或者症狀消失就是治癒或自愈，應在一週左右的潛伏期後進行篩查，排除是否有支原體和衣原體的感染。
在非淋的表現中，很多患者沒有症狀表現，女性患者的症狀更加輕微或沒有明顯的任何症狀，部分男性患者也沒有任何症狀，只有在較長的時間不排尿，如清晨首次排尿時發現尿道口有少量的黏液性的分泌物，有時表現為尿道口輕微的紅腫，因此，無論男性還是女性都可以發生沒有症狀的非淋感染 ，特別是抗生素和免疫抑制劑的廣泛使用後，沒有症狀的非淋感染更多。性生活後沒有明顯的臨床症狀也不能完全排除非淋的感染，建議定期複診，必要時進行實驗室的化驗，排除非淋。
臨床上治療非淋的藥物較廣泛，不同地區對藥物的選擇有一定的差異性，最好是根據藥物藥敏的結果來選擇合理的抗生素治療，建議根據支原體的培養及藥物敏感的試驗來尋求最敏感的藥物治療，足療程口服抗生素，針對性使用敏感藥物，常用的包括多西環素、美滿黴素、阿奇黴素、交沙黴素、紅 黴素等。症狀較明顯的患者，還可適當結合中藥同時治療，以提高轉陰率。具體用藥建議結合臨床，以醫生的面診為準，以免患者自行購藥形成耐藥或掩蓋症狀導致延誤病情。
患有非淋的孕婦患者，如果沒有治療，可以傳染給患兒。傳染一般多發生在出生後1周左右，患兒表現為輕重不等的化膿性的結膜炎，眼部表現為黏液性的膿性的分泌物，眼瞼水腫，眼結膜有明顯的紅斑，時間長可以引起局部的瘢痕，甚至對視力造成影響。非淋也可以引起新生兒的肺炎，多發生在那3-6周的時間段，患兒表現為間隔時間較短、頻率較高的咳嗽，可以伴有鼻塞、流涕以及呼吸的急促。患有非淋的孕婦，應儘早進行規範治療，如選用紅黴素等藥物。
支原體檢查是陽性，尤其20%左右的女性檢查出陽性，如果出現白帶增多，白帶顏色的改變，如發黃，有異味，外陰有燒灼感或瘙癢，則應該積極治療。反覆白帶異常的更應該積極的篩查，排除是否有支原體陽性的可能。此外，備孕的育齡期女性，及準備做試管嬰兒 的女性，應該積極的篩查，排除是否有支原體的感染。治療可根據藥物敏感進行藥敏的試驗，根據藥敏試驗的結果，選擇多西環素、美滿黴素、阿奇黴素、紅黴素等敏感的抗生素進行治療，治療週期一般是7-10天左右。
非淋是支原體和衣原體的感染，經過規範足量敏感的抗生素治療後，大部分患者的結果可以轉陰，支原體陽性經過規範治療後沒有明顯的不舒服，如沒有分泌物，白帶沒有明顯增多，沒有明顯的瘙癢，即使檢查結果沒有轉陰，也可不用繼續治療。因為存在部分健 康攜帶者，特別女性有20%查出是陽性，本身是條件致病菌，經過治療之後臨床症狀消失，而化驗檢查的結果仍為陽性，則可不予治療。但建議定期複查，排除是否合併支原體的感染。
非淋經過治療尤其是多次規範的重複治療後，仍有非典型的症狀，如尿道癢的難受但沒有明顯分泌物和紅腫等急性期的表現，可以不做進一步的抗生素治療，因為此時傳染性非常低，傳染的可能性不大，多數患者是經過一段時 間後症狀可以自行緩解，發生嚴重後遺症的幾率較小。
非淋球菌性尿道炎是由於淋球菌以外的病原體，主要是衣原體和支原體感染引起的泌尿生殖系統黏膜的炎症性病變。主要表現為尿頻、尿急、尿痛等尿路刺激症狀。臨床上可通過分泌物培養來鑑別病原體，並根據藥敏結果選擇對病原體敏感的藥物進行治療。
非淋菌性尿道炎是由於支原體和衣原體感染引起的泌尿生殖道疾病。不潔性生活是引起非淋菌性尿道炎最常見的原因。主要表現為清晨排尿前發現尿道口有少量分泌物稀薄或米湯樣分泌物，有餬口現象，伴尿頻、尿急、尿痛。少數患者可無症狀或症狀不典型，易被漏診。