亞急性甲狀腺炎如果能夠明確診斷、積極治療，並不會十分嚴重。但是有部分亞急性甲狀腺炎，由於在診斷的時候存在困難，所以有些患者的病情比較嚴重。
在臨床當中有些亞急性甲狀腺炎會出現數月的高熱情況，這些會影響到患者的基本體質，亞急性甲狀腺炎是由於機體存在病毒感染以後，抵抗力下降導致的甲狀腺的亞急性炎症改變。如果進行甲狀腺激素測定，會發現甲狀腺激素水平明顯升高，再進行甲狀腺攝碘率測定時卻表現為明顯降低，也就是會表現為典型的分離現象，這個分離現象對於亞急性甲狀腺炎的診斷非常有幫助。一旦診斷成立可以使用非甾體抗炎藥物，或者症狀嚴重時選擇糖皮質激素的藥物，通常對亞急性甲狀腺炎的治療和症狀控制非常有效。