治療腸易激綜合徵的藥物主要是對因治療。藥物有：1、解痙藥，如鈣離子拮抗劑或者是離子通道調節劑，主要針對腹痛患者。2、止瀉藥，如洛哌丁胺或者是複方苯乙哌啶，可以有效的治療腹瀉。3、通便劑，如乳果糖或者是聚乙二醇，可以治療便秘。4、抗精神藥物，如治療抑鬱及焦慮的藥物鹽酸氟西汀分散片。出現腸易激綜合徵的患者要注意調節壓力，不要過度依賴藥物，保持心情愉悅，可以有效緩解病情。