新生兒甲狀腺功能異常有先天性甲狀腺功能減低，暫時性甲狀腺功能減低以及甲狀腺功能亢進等。如果經新生兒篩查懷疑，經甲狀腺功能檢查複查確診為先天性甲狀腺功能減低，需立即開始足量甲狀腺素替代治療，並定期複查甲狀腺功能，根據寶寶體重增長情況和甲狀腺素水平調整藥物劑量，終生服藥。暫時性甲狀腺功能減低常見於早產兒，也要開始口服甲狀腺素，定期複查，待甲狀腺功能恢復正常後停藥。甲狀腺功能亢進在新生兒期很少見，一旦確診，也要積極為患兒開始口服藥物治療。