自體幹細胞移植比較安全，其痛苦相當於做超大劑量的化療，會有比較強的胃腸道反應，噁心、嘔吐、腹瀉等反應。之後有兩週左右的骨髓抑制期，全血細胞減少，甚至有一些病人合併感染、發燒，但是其安全性非常高，國外自體移植可做到75歲以上，其死亡率不超過5%。國內大多數都在65歲以下，因此安全性更高，因此這種痛苦是在人體可以承受的範圍內。自體骨髓移植雖然會有一定痛苦，但對於治療淋巴瘤、多發性骨髓瘤及急性白血病等疾病是有一定幫助的。是可以延長生存的，病情穩定五年沒有出現復發後，疾病甚至可以達到痊癒。