再生障礙性貧血的治療包括對症治療和針對病因的治療，對症治療，主要是糾正感染，貧血和出血的情況，可以給予抗生素控制感染，輸注紅細胞以及血小板，糾正貧血以及出血的情況。針對病因治療主要是應用免疫抑制劑治療。重型再障的可以應用抗淋巴細胞球蛋白，或者是抗胸腺細胞球蛋白，也可以做異基因造血幹細胞移植治療。而非重型再障主要是給予環孢素聯合雄激素治療等。