再生障礙性貧血根據分型不同，預後也不同，重型再障的預後稍微差。主要死亡原因是顱內出血和嚴重感染。但是目前隨著治療方法的改進和提高，重型再障的預後已經明顯改善。非重型再障的患者經過積極治療後，約70%-80%的患者病情可以獲得不同程度的改善，預後較好。而重型再障患者如果能做異基因造血幹細胞移植，有80%的患者移植後可以獲得長期生存。因此，部分再障患者是可以治癒的。