免疫系統疾病非常多。免疫系統具有免疫監視、防禦、調控的作用，如果免疫系統這三方面功能出現了問題，就可以出現免疫系統疾病。平時最常見的是過敏原因造成的免疫性損傷。由於接觸了過敏原，激活了自身免疫系統，產生抗體，發生免疫，而造成發病。也可能是自身免疫性疾病，由於自身免疫系統出現了不能正確識別正常細胞的情況，所以會出現自身免疫損傷破壞性疾病，可以出現結締組織病，例如類風溼關節炎，系統性紅斑狼瘡等，以及多發性硬化症，重症肌無力脫髓鞘病變，慢性甲狀腺炎，潰瘍性結腸炎、甲亢、甲減等。還有肺腎出血性綜合徵，自身免疫性的腎小球腎炎。血液系統中的自身免疫性溶血，特發性血小板減少性紫癜等免疫系統疾病。