自身免疫性疾病根據系統可以分類，最常見的有結締組織病，例如類風溼關節炎，系統性紅斑狼瘡，皮肌炎，硬皮病等；神經肌肉疾病，如多發性硬化病，重症肌無力和脫髓鞘病變等；內分泌疾病，如原發性腎上腺皮質萎縮，慢性甲狀腺炎以及青年型糖尿病、甲狀腺功能亢進等；消化系統疾病，有慢性非特異性的潰瘍性結腸炎，慢性活動性肝炎以及惡性貧血和萎縮性胃炎；泌尿系統疾病，可見於自身免疫性腎小球腎炎、肺腎出血性綜合徵；血液系統疾病，有自身免疫性溶血，特發性血小板減少性紫癜和特發性白細胞減少症等。