慢性直腸炎主要分為感染性炎症以及非感染性炎症兩大類。如果患者同時合併發熱、膿血便之類症狀，要首先考慮感染性疾病所導致的症狀，一般建議針對糞便進行感染微生物的培養分離檢查，根據感染的病原微生物種類以及藥物敏感性進行抗感染治療。如果同時合併直腸膿腫等嚴重感染症狀需要進行手術治療。如果患者屬於慢性非感性直腸炎症，一般建議在醫生指導下應用免疫抑制類藥物進行處理，如西藥不能耐受，可以在正規中醫處進行中藥灌腸治療。