異基因造血幹細胞移植的併發症主要分為以下幾個方面：1.預處理藥物主要是一些化療藥物，可導致噁心嘔吐、口腔炎、腹瀉、便秘、發熱、乏力、脫髮、心臟毒性以及神經系統症狀等。2.造血幹細胞回輸時可能出現皮疹、寒戰、發熱、呼吸困難、血壓以及心率改變等。3.骨髓抑制期會出現貧血、感染、出血等情況。4.移植後早期會出現移植物抗宿主病、嚴重感染等常見併發症以及一些特殊併發症如毛細血管滲漏綜合症、間質性肺炎、出血性膀胱炎等。5.移植後遠期併發症包括慢性移植物抗宿主病、內分泌紊亂、二次腫瘤發生、視力及外貌變化等。6.原發病復發。