良性小動脈性腎硬化症主要病因是慢性高血壓，因長期高血壓可導致腎臟血管壁損害，故此為引發良性小動脈性腎硬化症的主要病因。中至重度高血壓、糖尿病腎病、黑人種族是本病的危險因素。
1、高血壓：高血壓性血管病變和腎小球內高壓都會導致腎小球損傷。
2、年齡：良性腎硬化的血管和腎小球病變也可見於老年人，甚至無高血壓的患者。這些變化可能與老年人腎小球濾過率（GFR）進行性下降有關。
3、種族：黑人種族易患該病。
4、腎臟疾病：本來就患者腎臟疾病的患者，易引起血管病變，進而發生良性小動脈性腎硬化症。