系統性紅斑狼瘡的治療是一個很複雜的問題，對於確診系統性紅斑狼瘡的患者，首先要對患者的病情進行評估，看是輕型、中型、重型或者狼瘡危象的情況，然後會根據病情選擇狼瘡的治療方法，以及狼瘡的治療藥物。對於輕型的系統性紅斑狼瘡來講，有時候僅選用小劑量的糖皮質激素或者抗瘧藥羥氯喹、非甾體抗炎藥等，就能夠有效的控制系統性紅斑狼瘡的病情。
對於中、重度甚至狼瘡危象的患者，一般都會選用糖皮質激素治療系統性紅斑狼瘡，同時也會配合免疫製劑，比如環磷酰胺、嗎替麥考酚酯、環孢素等，在糖皮質激素和免疫抑制劑治療的基礎上，還會根據病情給予注射免疫球蛋白。目前在臨床上也會應用一些生物製劑，比如針對B細胞的CD20單抗，在臨床上被應用到難治性或者複發性紅斑狼瘡患者當中，收到了一定的臨床效果。此外還會選用血液淨化甚至骨髓移植等，來治療系統性紅斑狼瘡，所以對於系統性紅斑狼瘡的治療是高度個體化的治療。