白塞病不能夠完全治好，目前白塞病發生以後尚沒有根治的辦法，可以通過治療來緩解相應的症狀，控制病情的發展。當存在眼部疾病的時候，需要用一些眼部的眼膏或者滴眼液來緩解眼部的症狀。口腔潰瘍發生以後，可以用糖皮質激素軟膏、冰硼散、錫類散以及其它治療口腔潰瘍的藥物來進行治療。生殖器發生潰瘍以後，也需要用1:5000的高錳酸鉀溶液清洗，外用抗生素的軟膏。
發生白塞病需要在急性期來進行支持、對症療法，目前白塞病發生以後，全身的治療需謹慎用藥。一般全身治療，包括糖皮質激素的使用以及免疫抑制劑的使用，這些全身性用藥的使用需要在醫生的嚴格監測下才能夠進行。白塞病一般預後良好，多數情況下，不會危及患者的生命，少數患者可能發生比較嚴重的併發症，預後不佳。