丙型肝炎治療的藥物主要就是抗病毒治療的藥物，如干擾素、利巴韋林，以及小分子藥物。小分子藥物根據作為靶點的不同而有不同的藥物，如索磷布韋維帕他韋片，可以根據丙型肝炎基因分型、是否合併肝硬化，以及是初治患者還是經治患者，來考慮選擇治療方案。
丙肝的藥物治療以往都是應用干擾素和利巴韋林，干擾素是注射在胳膊上的藥物。但是目前因為小分子藥物的問世，已經很少應用干擾素和利巴韋林進行丙型肝炎抗病毒治療，因為小分子藥物療效更好、療程更短、副作用更小，已經替代了干擾素和利巴韋林。