丙肝病毒的潛伏期是2周～6個月，平均40天。丙型肝炎在感染第一週即可從血液或感組織中用PCR法檢出丙肝病毒。第2周開始，可檢出丙肝抗體。少部分病例感染3個月後才檢測到丙肝抗體。丙肝感染後易慢性化，超過50%的丙肝感染者轉為慢性。血漿中的丙肝濃度約為10的2次方到10的8次方。丙型肝炎病毒RNA陽性是病毒感染和複製的直接標誌。