狂犬疫苗注射三次和注射五次之間有差別，首先是接種時間的差別，三次法的接種時間是0、7、21天。五次法的接種時間是0、3、7、14、28天。其次是接種針次的區別，三次法總共接種四支疫苗，五次法總共是接種五支疫苗。
藥物品牌的限制，目前我國只有部分疫苗可以按三次法接種，其他的疫苗都是按五次法接種。五次法疫苗不能按三次法接種，三次法疫苗可以按五次法接種。即使兩種接種方法的疫苗在以上方面有區別，但是療效都一致。