扁桃體的結石經常會有細菌混合，使病人的口腔裡有口臭。如果扁桃體結石形成了口臭要進行治療，如果結石比較大，可以到醫院，醫生用專業的器械將結石取出來，再用漱口的含片，使扁桃體隱窩炎症消退之後，口臭就能解決。
如果是扁桃體的結石比較多，反覆的發作，並且病人有異物感、口臭，有的時候會引起疼痛的情況，可能考慮做扁桃體的切除，所以扁桃體的結石不是每個人都會有症狀。如果沒有症狀可以觀察，不需要治療，如果有症狀需要到醫院就診。