絕大多數瘧疾患者是可以徹底治癒的，瘧疾的病死率因感染的蟲種不同而差異較大，肩入瘧、三日瘧和卵形瘧死率很低，而惡性瘧的病死率較高。嬰幼兒感染、延誤診治和耐多種抗菌藥物，重毒感染的病死率較高，腦型瘧病死率達9%-31%，而且可出現偏癱、失語、斜視、失明、小腦共濟失調和精神異常等多種後遺症。
目前臨床上對於瘧疾的治療，主要包括基礎治療和抗瘧原蟲治療。基礎治療一般支持及對症治療，包括髮作期及退熱後24小時應臥床休息，注意補足水分。抗瘧原蟲治療是瘧疾治療的核心，選藥原則根據診斷是否為惡性瘧疾、血中原蟲密度大小、病情輕重、是否來自耐藥流行區、當地瘧原蟲的耐藥類型。當地藥的可及來選擇藥物。世界衛生組織建議使用青蒿素衍生物，與另一種有效抗瘧疾藥物的聯合方案，這是目前最有效，並且可以避免與瘧原蟲產生耐藥性的方法。