結腸阿米巴病是由於阿米巴原蟲侵入結腸組織，導致結腸粘膜的急性或慢性炎症。因結腸性阿米巴多出現大量腹瀉。首先補充體內水分，糾正電解質代謝紊亂十分重要。家中可口服糖糖鹽水，補充體內電解質和消耗的熱量。而一般針對阿米巴的抗生素有，甲硝唑，替硝唑，奧硝唑，四環素等藥物。感染者應積極治療，防治併發症，如腸穿孔，阿米巴肉芽腫等。