在花粉播散季節避免接觸花粉是最理想的預防方法, 但在實際工作和生活中難以做到, 所以大多數花粉症患者還要依靠藥物治療。花粉症的治療應分發作期治療和緩解期治療。
一、一般治療
1、去除誘因  ：瞭解存在的誘因並及時消除，如避免接觸花粉等過敏原。
2、合併症的治療：如有急性哮喘或呼吸困難，可用糖皮質激素或沙丁胺醇進行緊急處理。
二、藥物治療
1、抗組胺藥物：是最常用的一類藥物，如苯海拉明、西替利嗪、氯雷他定。大多能有效地控制花粉症的急性鼻、眼症狀, 但不能抑制病情的發展。
2、麻黃鹼滴鼻劑：一種減充血劑，可快速有效地疏通鼻堵。注意此類藥物一般不要連續使用一週以上。
3、糖皮質激素：局部應用糖皮質激素鼻噴劑是目前推薦的治療花粉症的最佳方案。由於局部用藥, 效果良好, 全身吸收很少, 所以激素的副反應顯著減輕。對於中重度的花粉症的患者, 應用抗組胺藥及局部用糖皮質激素不能很好地緩解症狀時, 需要全身注射長效糖皮質激素。
4、白三烯受體拮抗劑：如孟魯司特鈉，能阻斷白三烯引起的鼻部炎症。由於鼻腔局部用糖皮質激素不能抑制白三烯的釋放，所以白三烯受體拮抗劑與糖皮質激素有協同作用，可以減少激素用量，從而減輕激素帶來的副作用。
5、變應原浸液：此法為變應原特異性免疫治療（AIT），已證實是唯一有可能改變過敏性疾病自然進程的治療方法。簡而言之，即在明確致病變應原後，使用該變應原浸液通過不同途徑，以逐漸遞增劑量的方式導入體內，並最終使人體耐受高於自然暴露劑量的維持治療劑量，經過AIT後，機體免疫系統發生改變，使機體在處於相對低劑量變應原的自然暴露環境時，僅有輕微症狀甚至無症狀。
三、手術治療
花粉症無手術治療。
四、中醫治療
如敏康片(主要成分為靈芝、蟲草菌絲體等)，可以調整花粉症患者相關基因表達，改善患者過敏體質，緩解臨床症狀。但必須注意的是，傳統中藥製劑和致敏花粉可能存在相同抗原性或交叉抗原性，花粉症患者應慎用傳統中藥製劑。
五、其他治療
物理治療：1、花粉阻隔劑：塗抹於鼻腔，可有效控制花粉症相關的過敏性鼻炎症狀。
2、鼻腔沖洗：從國內外臨床應用經驗看，鼻腔沖洗雖然並不具備直接抗炎作用，但是鼻腔沖洗與抗組胺藥、鼻用糖皮質激素聯用能增強藥物療效，減少藥物使用量，可以作為安全、有效的補充治療手段。