孩子如果出現蛋白質過敏，多數會表現在消化道和皮膚上的症狀。對於小月齡孩子來說，如果對牛奶蛋白過敏，消化道症狀是比較突出的，多數孩子可能會有腹瀉，包括大便中帶血，也就是常說的便血，另外嘔吐、腹脹是比較常見的。如果孩子出現消化道症狀，要反過來警惕孩子可能存在蛋白質過敏的問題。
另外皮膚表現，也就是常說的溼疹也是非常常見的，幾乎孩子都會有，同時孩子臉上有溼疹，都是面部溼疹比較多，一開始都是在面部，這時候往往說明存在過敏問題，或者過敏是溼疹的根源，所以發現孩子面部溼疹時，要考慮孩子可能有牛奶蛋白過敏的問題。除此之外，孩子還可能會有些呼吸道的症狀，但多數見於大點的孩子，可能會容易流涕、鼻子癢、揉鼻子、打噴嚏，或者還有些孩子容易出現喘息等問題。當然對於蛋白質過敏的孩子，很多孩子在小月齡的時候，因為過敏影響生長發育，所以可能還會有生長發育落後。對於寶寶蛋白質過敏的症狀，可能涉及到多系統，需要根據孩子的表現來綜合判斷。