新生兒十二指腸梗阻手術風險並不是很大。任何的手術都存在一定的風險，而新生兒十二指腸梗阻手術是最常見的手術之一，手術也並不複雜，目前的發展也很成熟，大部分的孩子在進行手術之後，基本上沒有後遺症，都很順利的就恢復了。而目前十二指腸梗阻的疾病最好的治療方式就是手術治療，只有通過手術才能將不通的十二指腸重新接通，讓孩子可以正常進食。