兒童腸繫膜淋巴結炎是自限性的疾病，以對症治療為主。如果有嘔吐，要保護胃腸黏膜、止吐。如果孩子有脫水，需要預防和糾正脫水。如果是細菌感染引起，要抗生素治療。其實病毒感染，也沒有什麼特殊的抗病毒治療的時候，主要還是以病毒治療為主。
如果有腹痛，可以通過肚臍，理療以及口服益生菌，調節腸道菌群，改善腸道功能，來緩解寶寶腹部的疼痛不適。腸繫膜淋巴結炎多繼發於呼吸道感染或者是腸道感染之後引起，主要還是原發病的治療，同時進行腸繫膜淋巴結炎的對症治療。在治療原發病的基礎上給予保暖，通過腹部理療，肚臍來改善腸道的循環，來緩解腸繫膜淋巴結引起的一些不適。如果有發燒，必要時給予退燒藥治療。腸繫膜淋巴結要和闌尾炎來鑑別，因為闌尾炎也是表現為右下腹的疼痛，有的時候如果是細菌感染引起，血象也會高。而闌尾炎屬於小兒外科的急症，要及時給予治療，以免闌尾穿孔導致腹部的外科情況。