十二指腸球炎需要根據症狀選擇合適的藥物，如反酸燒心明顯，可以口服奧美拉唑腸溶膠囊或蘭索拉唑腸溶片或雷貝拉唑鈉腸溶片，黏膜保護劑如複方鋁酸鉍顆粒、磷酸鋁凝膠及硫糖鋁等。若腹脹明顯，可以口服多潘立酮片或莫沙必利片。如噁心嘔吐明顯，建議口服甲氧氯普胺片治療。再者也可以辯證應用中藥口服治療，如香砂養胃丸、木香順氣丸、補中益氣丸等。