兩個月左右的小寶寶，腸套疊的最早期症狀是腹痛和嘔吐。腸套疊臨床上最常見的是末端迴腸、回盲部套入升結腸，小寶寶因為腸繫膜發育相對於腸道發育而言緩慢點，因此腸道活動度大，易發生腸套疊，小腸管套入結腸後，引起腸道牽拉、缺血、腫脹而致腹痛。此腹痛有間隙性發作、陣發性加劇的特點。此外，因腸管被套、小腸管腫脹而致腸梗阻，從而導致嘔吐。