原發性肝癌首選的治療方案是手術治療，手術治療包括肝切除術和肝移植術。肝切除術是目前國內外普遍採用的治療肝癌的首選方法，是肝癌病人獲得長期生存的重要手段。肝切除術的原則是完整的切除腫瘤，並保留足夠體積且有功能的肝組織。因此需要進行完善的術前肝臟儲備功能評估與腫瘤學的評估，能否進行手術切除以及切除的療效，不僅與腫瘤大小以及數目有關，更重要的是與肝臟功能、肝硬化分期、腫瘤的部位腫瘤器械、包膜完整程度，以及有無靜脈血栓密切相關。
肝移植也是肝癌根治性治療手段之一，尤其適用於肝功能失代償，不適合手術切除及局部消融的早期肝癌病人。其它治療肝癌的方法還包括局部治療，包括局部消融治療和肝動脈栓塞化療。放射治療屬於姑息性的治療手段，分為外放療和內放療。藥物治療包括分子靶向藥物，如索拉非尼、侖伐替尼和瑞格非尼，另外有些患者還需要應用抗病毒藥物、保肝藥物。正規的中醫藥治療能改善臨床症狀，提高機體的抵抗力，減輕放化療的不良反應。