在目前臨床上，尚沒有直接針對膽管細胞癌組織病理學的靶向治療藥物。目前在使用的靶向藥物，都是一些具有非特異性靶向作用的藥物，由於膽管細胞癌也是原發性肝癌中一種特殊的細胞學類型，因此，在臨床上也可以借鑑肝細胞肝癌使用的靶向藥物，用於膽管細胞癌的治療，主要包括索拉非尼、舒尼替尼等。此外，臨床上也有使用其他泛靶點的抗腫瘤血管抑制劑，如可使用血管內皮抑制素、貝伐珠單抗等進行治療。