慢性結腸炎主要的症狀包括腹瀉，腹痛，腹瀉的嚴重程度和人的體質有關係，有些患者較重一天可能要腹瀉8次以上，有些患者可能4次左右。大便呈現稀薄狀，含有粘液或者血液。腹痛症狀反覆的發作，還可能出現體溫升高、腹脹的症狀。建議患者做個大便的細菌培養，針對性的選擇抗菌藥物，例如氟哌酸膠囊、環丙沙星等藥物。對於症狀非常嚴重的，出血不可控的患者，可以考慮進行手術治療。