肝囊腫屬於一種良性的病變，發生肝囊腫的原因有以下幾種：第一種原因、就是先天性的病變，可能是胎兒時期發生膽管發育異常，出現膽管的阻塞、膽汁淤積，導致膽管擴張演變成肝囊腫。第二種原因、就是遺傳因素導致的。尤其多囊肝是因為發生了染色體的突變，還有可能同時伴有多囊腎，此病的發病率很低。有些寄生蟲感染肝臟，也可能會誘發肝囊腫。