單純性肝囊腫如果囊腫直徑較小，則沒有臨床症狀，患者沒有不舒服的感覺。如果囊腫較大，壓迫了周圍的肝臟組織，可以出現腹痛、腹脹、肝區憋悶不適的感覺。
另外還可以出現食慾不振、噁心以及嘔吐等症狀，還可能伴有轉氨酶升高、肝功能異常的情況。此時需要進行手術治療，可以進行肝囊腫穿刺引流手術，能夠徹底的治癒疾病。