慢性結腸炎有兩種可能，一種是慢性炎症性細菌或病毒性感染，導致的炎症，一般持續兩到三週或一個月左右。另一種情況是腸易激綜合症的情況，也是植物神經功能失調，導致的結果。前者，需要給予抗炎抗病毒，比如諾氟沙星膠囊，藿香正氣口服液，頭孢類的藥物等對症治療。後者，需要調節胃腸功能等治療，比如氟哌噻噸美利曲辛片，安神補腦液，谷維素片，甲鈷胺片，雙歧桿菌膠囊對症治療。