甘氨酰脯氨酸二肽氨基肽酶結果升高時主要是見於肝臟的疾病，比如說肝癌，包括原發性肝癌和繼發性肝癌，肝硬化，急慢性病毒性肝炎，在我國主要還是由於乙型病毒性肝炎所造成的。另外某些腎臟的疾病也可以導致這項指標的明顯升高，比如說慢性腎小球腎炎，腎病綜合徵等等，因此對於臨床上出現甘氨酰脯氨酸二肽氨基肽酶升高的患者首先應當考慮肝以及腎病可能，尤其是惡性腫瘤的可能，對於鑑別肝臟腫瘤的良惡性，腫瘤的監測有很好的作用。