慢性結腸炎首先要通過結腸檢查排除潰瘍性結腸炎，克羅恩病，腸結核等比較特殊的腸道疾病。治療上以對症治療為主，如果主要臨床表現為腹瀉可以應用蒙脫石散止瀉治療。如果腹疼症狀明顯，可以間斷的應用匹維溴胺，曲美布丁等雙向調節腸道蠕動的藥物，也可以臨時應用6-542，解痙靈等解痙的藥物。金雙歧，美常安等調節腸道菌群的藥物也有一定的效果。複方谷氨醯胺膠囊，麥滋林等營養腸道粘膜的藥物也可以選擇。當然飲食治療是基礎，避免吃一些辛辣刺激不易消化的食物，戒菸酒減輕腸粘膜的損害是非常重要的。