慢性結腸炎的治療主要包括兩大方面的治療，包括內科治療和外科治療。內科治療時患者要注意及時的進行補液，防止水電解質和酸鹼平衡的紊亂，同時配合一些藥物治療比如硫氮磺嘧啶，糖皮質激素和免疫製劑等。外科治療主要是針對比較嚴重的患者，例如出現大量的，特別是中毒性巨結腸或者是伴有明顯穿孔的患者。採用手術的方法，將壞死的結腸進行切除。