急性化膿性膽管炎首先應當選用敏感的抗菌藥物聯合應用，常採用第三代頭孢菌素或碳烯青黴素聯合硝咪唑類藥物應用。同時注意糾正水、電解質和酸鹼紊亂。在非手術治療的基礎上，注意針對病因進行處理。最常見的原因是結石所造成的，還應當根據結石的位置選擇不同的處理方式，比如說膽總管切開膽道鏡取石或內鏡ERCP取石。而如果出現梗阻，還應當首先選擇進行膽道減壓，如T管引流或者鼻膽管引流，必要時可以考慮同時取出結石。如果是由於膽管癌或者膽道狹窄所造成的，可以考慮先放置支架，減輕炎症症狀，再考慮二期手術或者介入治療。